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Review
. 2016 Apr;35(1):191-202.
doi: 10.20506/rst.35.1.2427.

Genomics and zoonotic infections: Middle East respiratory syndrome

U Wernery, S K P Lau, P C Y Woo
Free article
Review

Genomics and zoonotic infections: Middle East respiratory syndrome

U Wernery et al. Rev Sci Tech. 2016 Apr.
Free article

Abstract
in English, French, Spanish

The emergence of Middle East respiratory syndrome (MERS) and the discovery of MERS coronavirus (MERS-CoV) in 2012 suggests that another SARS-like epidemic is occurring. Unlike the severe acute respiratory syndrome (SARS) epidemic, which rapidly disappeared in less than one year, MERS has persisted for over three years. More than 1,600 cases of MERS have been reported worldwide, and the disease carries a worryingly high fatality rate of >30%. A total of 182 MERS-CoV genomes have been sequenced, including 94 from humans and 88 from dromedary camels. The 182 genomes all share >99% identity, indicating minimal variation among MERS-CoV genomes. MERS-CoV is a lineage C Betacoronavirus (ßCoV). MERS-CoV genomes can be roughly divided into two clades: clade A, which contains only a few strains, and clade B, to which most strains belong. In contrast to ORF1ab and structural proteins, the putative proteins encoded by ORF3, ORF4a, ORF4b, ORF5 and ORF8b in the MERS-CoV genome do not share homology with any known host or virus protein, other than those of its closely related lineage C ßCoVs. Human and dromedary viral genomes have intermingled, indicating that multiple camel-to-human transmission events have occurred. The multiple origins of MERS-CoV suggest that the virus has been resident in dromedaries for many years. This is consistent with the detection of anti-MERS-CoV antibodies in dromedary camels as early as the 1980s.

L’émergence du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (SRMO, ou MERS d’après son sigle anglais) et l’identification en 2012 du coronavirus responsable de cette maladie (MERS-CoV) indiquent que nous sommes en présence d’une épidémie semblable à celle du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). Toutefois, contrairement à l’épidémie du SRAS qui avait rapidement disparu en moins d’un an, le MERS persiste depuis plus de trois ans. Plus de 1 600 cas de MERS ont été notifiés dans le monde ; la maladie présente un taux de létalité particulièrement préoccupant, s’élevant à plus de 30 %. Au total, 182 génomes du MERS-CoV ont été séquencés jusqu’à présent, dont 94 provenaient de virus isolés chez l’homme et 88 chez des dromadaires. Ces 182 génomes ont en commun un pourcentage d’identité de 99 %, dénotant une très faible variabilité des génomes viraux. Le MERS-CoV appartient à la lignée C du genre Betacoronavirus (ßCoV). Les génomes du MERSCoV se répartissent, dans leurs grandes lignes, en deux clades : le clade A, qui ne contient que quelques souches, et le clade B regroupant l’immense majorité des souches. Contrairement à ce qui se produit avec la protéine ORF1ab et les protéines structurales, les protéines potentiellement codées par les gènes ORF3, ORF4a, ORF4b, ORF5 et ORF8b du génome du MERS-CoV ne présentent aucune homologie avec des protéines virales ou de l’hôte autres que celles d’autres bêtacoronavirus de la lignée C, qui lui sont étroitement apparentés. Les génomes des virus affectant l’homme et le dromadaire se sont entremêlés, ce qui montre que le virus a connu de multiples épisodes de transmission des camélidés à l’homme. Les origines multiples du MERS-CoV témoignent d’une présence prolongée du virus (plusieurs années) chez les dromadaires. Ce constat est corroboré par le fait que des anticorps anti-MERS-CoV ont été détectés chez des dromadaires dès le début des années 80.

La aparición del síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS, por sus siglas en inglés) y el descubrimiento del coronavirus que lo causa (MERS-CoV) en 2012 parecen apuntar al advenimiento de una nueva epidemia análoga a la del síndrome respiratorio agudo severo (SRAS). Pero a diferencia de lo ocurrido con la epidemia de SRAS, que en menos de un año había desaparecido, el MERS lleva más de tres años presente. En el mundo se han notificado más de 1.600 casos de MERS, y la enfermedad presenta una tasa de letalidad muy alta y preocupante, superior al 30%. Hasta ahora se han secuenciado un total de 182 genomas del MERS-CoV, 94 de ellos obtenidos a partir de personas y 88 a partir de dromedarios. Estos 182 genomas comparten identidad en más de un 99%, lo que pone de manifiesto un nivel mínimo de variación entre los genomas coronavíricos. El coronavirus del MERS pertenece al linaje C del género Betacoronavirus (ßCoV). Los genomas de este virus pueden ser divididos, a grandes rasgos, en dos clados: el clado A, que agrupa unas pocas cepas; y el clado B, al que pertenecen la gran mayoría de las cepas. A diferencia de lo que ocurre con la proteína ORF1ab y las proteínas estructurales, las proteínas que supuestamente codifican los genes ORF3, ORF4a, ORF4b, ORF5 y ORF8b del genoma del MERS-CoV no comparten homología con ninguna proteína conocida de otros virus o anfitriones, salvo con proteínas de otros betacoronavirus del linaje C estrechamente emparentados con él. Los genomas de los virus que afectan a personas y dromedarios se han entremezclado, lo que indica que se han producido numerosos episodios de transmisión de camélidos a humanos. De los múltiples orígenes del MERS-CoV se deduce que el virus lleva muchos años siendo residente en dromedarios, lo que concuerda con el hecho de que ya en los años ochenta se detectaran anticuerpos anti-MERS-CoV en dromedarios.

Keywords: Coronavirus; Dromadaire; Genomique; Infection; Moyen-orient; Syndrome respiratoire du moyen-orient (mers).

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