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Comparative Study
. 2016 Nov 2:25:129.
doi: 10.11604/pamj.2016.25.129.10065. eCollection 2016.

[Performance of GeneXpert MTB / RIF® in the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis in Dakar: 2010-2015]

[Article in French]
Awa Ba Diallo  1 , Abdoulkader Issifi Kollo  2 , Makhtar Camara  1 , Seynabou Lo  3 , Gedeon Walbang Ossoga  2 , Moustapha Mbow  2 , Farba Karam  2 , Mame Yacine Fall Niang  2 , Aliou Thiam  2 , Awa Ndiaye Diawara  2 , Souleymane Mboup  2 , Aissatou Gaye Diallo  2
Affiliations
Comparative Study

[Performance of GeneXpert MTB / RIF® in the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis in Dakar: 2010-2015]

[Article in French]
Awa Ba Diallo et al. Pan Afr Med J. .

Abstract
in English, French

Introduction: The challenge facing developing countries is the availability of methods for rapid and accurate diagnosis of tuberculosis. Some molecular techniques offer this advantage, so we used GeneXpert MTB / RIF test in the diagnosis of extra-pulmonary tuberculosis to evaluate its performance compared with conventional methods.

Methods: Between 2010 and 2015, 544 extrapulmonary clinical specimens were collected and analyzed by microscopy, culture and GeneXpert. The evaluation of antitubercular susceptibility testing was performed using the MGIT 960 system. Genotype MTBDRplus was used to confirm the cases of rifampicin resistance detected by the GX system.

Results: The study population included 544 patients, 55.15% men and 44.85% women. Patients age ranged from 1-92 years with the majority in the 18-45 age group. The sensitivity and the overall specificity of microscopy was 43.86% and 98.36%, 94.74% and 97.95% for GeneXpert® respectively (95% CI). There were two discrepant rifampicin-resistant results between GeneXpert test and phenotypic method. Among these cases MTBDRplus test results showed 100% agreement with those of the MGIT 960.

Conclusion: This study shows that the GeneXpert test exhibits high sensitivity for routine diagnosis of extra-pulmonary tuberculosis and should be used instead of microscopy. The cases of rifampicin resistance detected by GeneXpert should be confirmed by other molecular testing methods before initiating treatment.

Introduction: Le défi des pays en voie de développement est la disponibilité de méthodes de diagnostic rapide et précis pour le management de la tuberculose. Des techniques moléculaires offrent cet avantage et nous avons utilisé le test GeneXpert MTB/RIF dans le diagnostic de la tuberculose extra-pulmonaire pour évaluer sa performance par rapport aux méthodes conventionnelles.

Méthodes: Entre 2010 et 2015, 544 échantillons cliniques extra-pulmonaires ont été recueillis et traitées par la microscopie, la culture et le GeneXpert. L'étude de la sensibilité aux antituberculeux a été effectué avec le MGIT 960. Le Génotype MTBDRplus a été utilisé pour confirmer les cas de résistance à la rifampicine détectés par le système GX.

Résultats: La population d'étude de 544 patients incluait 55,15% d'hommes et 44,85% de femmes. L'âge des patients variait entre 1 à 92 avec la majorité dans le groupe d'âge 18-45 ans. La sensibilité et la spécificité globale de la microscopie étaient de 43,86% et 98,36%, et pour le GeneXpert® 94,74% et 97,95% respectivement avec 95% IC. Deux résultats de résistance à la rifampicine discordants ont été trouvées entre le test GeneXpert et la méthode phénotypique. Les résultats du test MTBDRplus ont montré une concordance de 100% avec ceux du MGIT 960 pour les cas discordants de résistance à la rifampicine.

Conclusion: Cette étude a montré que le test GeneXpert a une plus grande sensibilité pour le diagnostic de routine de la tuberculose extra-pulmonaire et devrait être utilisé à la place de la microscopie. Les cas de résistance à la rifampicine détectés par le GeneXpert doivent être confirmés par d'autres tests moléculaires avant d'initier un traitement.

Keywords: Dakar; GeneXpert MTB/RIF; extra-pulmonary tuberculosis.

PubMed Disclaimer

Conflict of interest statement

Les auteurs ne déclarent aucun conflit d'intérêts.

Figures

Figure 1
Figure 1
Caractéristiques des résultats des échantillons de l’étude suivant les techniques utilisées
Figure 2
Figure 2
Forest plot des sensibilités, spécificités du GeneXpert et de la microscopie par type d’échantillons
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References

    1. World Health Organization. Global tuberculosis report 2015. Geneva, Switzerland: World Health Organization; 2015.
    1. World Health Organization. Tuberculosis country profiles report 2015: Senegal tuberculosis profile. Geneva, Switzerland: World Health Organization; 2015.
    1. Hillemann D, Rusch-Gerdes S, Boehme C, Richter E. Rapid molecular detection of extrapulmonary tuberculosis by the automated GeneXpert MTB/RIF system. Journal of clinical microbiology. 2011;49(4):1202–5. - PMC - PubMed
    1. Boehme CC, Nabeta P, Hillemann D, Nicol MP, Shenai S, Krapp F, et al. Rapid molecular detection of tuberculosis and rifampin resistance. The New England journal of medicine. 2010;363(11):1005–15. - PMC - PubMed
    1. World Health Organization. Policy Statement: Automated Real-Time Nucleic Acid Amplification Technology for Rapid and Simultaneous Detection of Tuberculosis and Rifampicin Resistance: Xpert MTB/RIF system. Geneva, Switzerland: World Health Organization; 2015. - PubMed

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