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Comparative Study
. 2018 Sep 30;49(3):193-200.
doi: 10.25100/cm.v49i3.3774.

Concordance analysis between different methodologies used for identification of oral isolates of Candida species

Alejandra Zuluaga  1 , Karen Arango-Bustamante  1 , Diego H Caceres  2 , Zilpa A Sánchez-Quitian  3 , Verónica Velásquez  1 , Beatriz L Gómez  1   4 , Claudia M Parra-Giraldo  3 , Natalia Maldonado  5 , Luz E Cano  1   6 , Catalina de Bedout  1 , Raúl E Rivera  7
Affiliations
Comparative Study

Concordance analysis between different methodologies used for identification of oral isolates of Candida species

Alejandra Zuluaga et al. Colomb Med (Cali). .

Abstract
in English, Spanish

Background: The yeasts species determination is fundamental not only for an accurate diagnosis but also for establishing a suitable patient treatment. We performed a concordance study of five methodologies for the species identification of oral isolates of Candida in Colombia.

Methods: Sixty-seven Candida isolates were tested by; API® 20C-AUX, Vitek®2 Compact, Vitek®MS, Microflex® and a molecular test (panfungal PCR and sequencing). The commercial cost and processing time of the samples was done by graphical analysis.

Results: Panfungal PCR differentiated 12 species of Candida, Vitek®MS and Microflex® methods identified 9 species, and API® 20C-AUX and Vitek®2 Compact methods identified 8 species each. Weighted Kappa (wK) showed a high agreement between Panfungal PCR, Vitek®MS, Microflex® and API® 20C-AUX (wK 0.62-0.93). The wK that involved the Vitek®2 Compact method presented moderate or good concordances compared with the other methods (wK 0.56-0.73). Methodologies based on MALDI TOF MS required 4 minutes to generate results and the Microflex® method had the lowest selling price.

Conclusion: The methods evaluated showed high concordance in their results, being higher for the molecular methods and the methodologies based on MALDI TOF. The latter are faster and cheaper, presenting as promising alternatives for the routine identification of yeast species of the genus Candida.

Introducción: La clasificación a nivel de especies de las levaduras del género Candida de origen clínico es fundamental para el diagnóstico y la instauración de un adecuado tratamiento para el paciente. Se realizó un estudio de concordancia de cinco metodologías usadas para la identificación de aislamientos orales de Candida spp en Colombia.

Métodos: Sesenta y siete aislamientos de Candida spp fueron identificados a nivel de especie utilizando; API® 20 C AUX‚ Vitek® 2 Compact, MALDI TOF (Vitek® MS y Microflex®) y una prueba molecular, PCR Panfungal y secuenciación. Un análisis del costo comercial y tiempo de procesamiento de las muestras por cada método fue realizado mediante el análisis gráfico de ambas variables.

Resultados: La PCR Panfungal y secuenciación diferenció 12 especies de Candida‚ los métodos Vitek® MS y Microflex® identificaron 9 especies y los métodos API® 20 C AUX y Vitek® 2 Compact identificaron 8 especies. El análisis de Kappa ponderado (wK) demostró una concordancia alta entre los métodos PCR Panfungal y secuenciación‚ Vitek® MS‚ Microflex® y API® 20 C AUX‚ concordancias agrupadas en las categorías buena y muy buena (wK 0.62 - 0.93); los Kp que involucraron el método Vitek® 2 Compact presentaron concordancias moderadas o buenas frente a los otros métodos (wK 0.56 - 0.73). Las metodologías basadas en MALDI TOF MS requirieron 4 minutos para generar un resultado y el método Microflex® fue el método que en nuestro medio presentó el menor precio de venta del servicio.

Conclusión: Los métodos evaluados presentaron una alta concordancia en sus resultados‚ siendo más alta para los métodos moleculares y las metodologías basadas en MALDI TOF MS; estas últimas son metodologías más rápidas, económicas y precisas, las cuales se presentan como alternativas prometedoras para la identificación rutinaria de especies de levaduras del género Candida.

Keywords: Candida; Colombia; Mass; Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization; Polymerase Chain Reaction; Spectrometry; diagnosis; mouth mucosa.

PubMed Disclaimer

Figures

Figure 1
Figure 1. Distribution of species classified according to the identification methodology.
Figure 2
Figure 2. Concordance analysis of five methodologies for the identification of oral isolates of Candida species.
Figure 3
Figure 3. Results of the cost/turnaround time analysis.
Figura 1
Figura 1. Distribución de las especies de levaduras clasificadas según el método de identificación
Figura 2
Figura 2. Análisis de concordancia de cinco metodologías para la identificación de aislamientos orales de especies de Candida.
Figura 3
Figura 3. A Resultados del análisis del costo/tiempo de respuesta. USD: Dólares Americanos. Análisis del tiempo de respuesta: esta variable excluye retrasos eventuales dentro de la fase pre-analítica y pos-analítica.
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References

    1. McCarty TP, Pappas PG. Invasive candidiasis. Infect Dis Clin North Am. 2016;30(1):103–124. - PubMed
    1. Albataineh MT, Sutton DA, Fothergill AW, Wiederhold NP. Update from the laboratory clinical identification and susceptibility testing of fungi and trends in antifungal resistance. Infect Dis Clin North Am. 2016;30(1):13–35. - PubMed
    1. Estrada-Barraza D, Dávalos A, Flores-Padilla L, Mendoza-De Elias R, Sánchez-Vargas LO. Comparación entre métodos convencionales, CHROMagarTM Candida y el método de la PCR para la identificación de especies de Candida en aislamientos clínicos. Rev Iberoam Micol. 2011;28(1):36–42. - PubMed
    1. Ochiuzzi ME, Cataldi S, Guelfand L, Maldonado I, Arechavala A. Red de Micología CABA.Argentina Evaluación del sistema Vitek(r) 2 para la identificación de las principales especies de levaduras del género Candida. Rev Argent Microbiol. 2014;46(2):107–110. - PubMed
    1. Panda A, Ghosh AK, Mirdha BR. MALDI TOF mass spectrometry for rapid identification of clinical fungal isolates based on ribosomal protein biomarkers. J Microbiol Methods. 2015;109:93–105. - PubMed

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