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Observational Study
. 2020 Dec;33(6):410-414.
doi: 10.37201/req/080.2020. Epub 2020 Sep 11.

[Repetition of microbiological tests in suspect of SARS-CoV-2 infection: utility of a score based on clinical probability]

[Article in Spanish]
J Pardo Lledias  1 , L Ayarza, P González-García, Z Salmón González, J Calvo Montes, M Gozalo Marguello, J L Hernández Hernández, J M Olmos Martínez
Affiliations
Observational Study

[Repetition of microbiological tests in suspect of SARS-CoV-2 infection: utility of a score based on clinical probability]

[Article in Spanish]
J Pardo Lledias et al. Rev Esp Quimioter. 2020 Dec.

Abstract
in English, Spanish

Objective: The diagnosis of SARS-CoV-2 infection presents some limitations. RT-PCR in nasopharyngeal swabs is considered the gold standard for the diagnosis, although it can have false negative results. We aimed to analyze the accuracy of repeating nasopharyngeal swabs based on different clinical probabilities.

Methods: Retrospective observational study of the first patients admitted to a two COVID Internal Medicine wards at the University Hospital Marqués de Valdecilla, Santander, from March to April 2020. RT-PCR targering E, N, RdRP and ORFab1 genes and antibody tests detecting IgG.

Results: A total of 145 hospitalized patients with suspected SARS-Cov2 infection were admitted and in 98 (67.5%) diagnosis was confirmed. The independent predictive variables for SARS-CoV-2 infection were: epidemiological contact, clinical presentation as pneumonia, absence of pneumonia in the last year, onset of symptoms > 7 days, two or more of the following symptoms -dyspnea, cough or fever- and serum lactate dehydrogenase levels >350 U/L (p<0.05). A score based on these variables yielded an AUC-ROC of 0.89 (CI95%, 0.831-0.946; p<0.001). The accuracy of the first nasopharyngeal swabs was 54.9%. Repeating nasopharyngeal swabs two or three times allows to detect an additional 16% of positive cases. The overall accuracy of successive RT-PCR tests in patients with low pre-test probability was <5%.

Conclusions: We have defined a pre-test probability score based on epidemiological and clinical data with a high accuracy for diagnosis of SARS-CoV-2. Repeating nasopharyngeal swabs avoids sampling errors, but only in medium of high probability pre-test clinical scenarios.

Introducción: El diagnóstico de la infección por SARSCoV-2 presenta limitaciones. La RT-PCR en frotis nasofaríngeo es la prueba considerada como el patrón oro, aunque puede ofrecer falsos negativos. El objetivo de este trabajo ha sido evaluar la utilidad de repetir el frotis nasofaríngeo en pacientes con resultado negativo en función de las diferentes probabilidades clínicas.

Métodos: Estudio observacional retrospectivo de los primeros pacientes ingresados en el Hospital Universitario Marqués de Valdecilla en dos plantas COVID de Medicina Interna durante marzo-abril del 2020. La RT-PCR para la detección de al menos dos dianas de los principales genes (E, N, RdRP, ORFab1) y el test de detección de anticuerpos para la detección de al menos IgG.

Resultados: Se analizaron 145 pacientes hospitalizados; 98 (67,5%) con el diagnóstico de SARS-CoV-2. Las variables predictivas independientes de SARS-CoV-2 fueron: contacto epidemiológico con otro paciente COVID-19, presentación clínica como neumonía, ausencia de neumonía en el año previo, inicio de síntomas >7 días al ingreso, ≥2 síntomas -tos, disnea y fiebrey lactato deshidrogenasa >350 U/L (p<0,05). Un score basado en estas variables presentó un área bajo la curva ROC (ABC ROC) de 0,89 (IC95 0,831-0,946; p<0,001). El rendimiento de la RT-PCR en su primera determinación fue del 54,9%. La repetición de la prueba permitió detectar un 16% de casos adicionales. El rendimiento global de sucesivas RT-PCR en pacientes con baja probabilidad clínica fue inferior al 5%.

Conclusión: Hemos definido un score de probabilidad pre-prueba basado en datos epidemiológicos y clínicos con una buena precisión para el diagnóstico por infección SARSCoV-2. La repetición del frotis nasofaríngeo puede evitar errores de muestreo sólo en escenarios de intermedia-alta probabilidad clínica pre-prueba.

Keywords: COVID-19; RT-PCR; SARS-CoV2; antibodies; clinical probability; immunoassay.

PubMed Disclaimer

Conflict of interest statement

Los autores declaran no tener conflictos de intereses.

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Cited by

References

    1. Wölfel R, Corman VM, Guggemos W, Seilmaier M, Zange S, Müller MA, et al. . Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature. 2020;581(7809):465-469. doi: 10.1038/s41586-020-2196-x. - DOI - PubMed
    1. Loeffelholz MJ, Tang YW. Laboratory diagnosis of emerging human coronavirus infections-the state of the art. Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):747-756. doi: 10.1080/22221751.2020.1745095. - DOI - PMC - PubMed
    1. Tang YW, Schmitz JE, Persing DH, Stratton CW. The Laboratory Diagnosis of COVID-19 Infection: Current Issues and Challenges. J Clin Microbiol. 2020; 512-20. doi: 10.1128/JCM.00512-20. - DOI - PMC - PubMed
    1. Pan Y, LiX Li, Yang G, Fan J, Tang Y, Zhao J, et al. . Serological immunochromatographic approach in diagnosis with SARS-CoV-2 infected COVID-19 patients. J Infect. 2020. S0163-4453(20)30175-4. doi: 10.1016/j.jinf.2020.03.051. - DOI - PMC - PubMed
    1. Guan WJ, Ni ZY, Hu Y, Liang WH, Ou CQ, He JX, et al. . Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 in China. N Engl J Med. 2020;382(18):1708-1720. doi: 10.1056/NEJMoa2002032. - DOI - PMC - PubMed

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