Enquête sur une éclosion importante de SRAS-CoV-2 dans un établissement de soins de longue durée au début de la pandémie

Abstract

Le déploiement de mesures de gestion des éclosions de SRAS-CoV-2 dans les établissements de soins de longue durée en Ontario a permis d’en réduire la fréquence et la gravité. Nous décrivons ici les données épidémiologiques et de laboratoire d’une de ces premières éclosions en Ontario afin de déterminer les facteurs associés à son importance et les impacts des interventions progressives de lutte contre les infections appliquées pendant la durée de l’éclosion. MÉTHODES: Nous avons obtenu du bureau de santé la liste des cas et les données de l’éclosion afin de décrire les cas chez les résidents et le personnel, leur gravité et leur distribution dans le temps et à l’intérieur de l’établissement touché. Quand elles étaient disponibles, nous avons obtenu des données concernant les échantillons soumis au laboratoire de Santé publique Ontario et effectué un séquençage complet et une analyse phylogénétique des échantillons viraux de l’éclosion. RÉSULTATS: Sur les 65 résidents de l’établissement de soins de longue durée, 61 (94 %) ont contracté le SRAS-CoV-2, le taux de létalité étant de 45 % (28/61). Parmi les 67 employés initiaux, 34 (51 %) ont contracté le virus, et aucun n’est décédé. Lorsque l’éclosion a été déclarée, 12 employés, 2 visiteurs et 9 résidents présentaient des symptômes. Parmi les résidents, les cas se trouvaient dans 3 des 4 secteurs de l’établissement. L’analyse phylogénétique a montré une forte similitude des séquences; une seule autre souche de SRAS-CoV-2 génétiquement distincte a été identifiée chez un employé à la troisième semaine de l’éclosion. Après le déploiement de toutes les mesures de gestion de l’éclosion, aucun cas n’a été identifié parmi les 26 nouveaux employés appelés en renfort. INTERPRÉTATION: La propagation rapide et non détectée du virus dans un établissement de soins de longue durée a donné lieu à des taux élevés d’infection chez les résidents et le personnel. L’application progressive de mesures de gestion après le pic de l’éclosion a permis d’éviter la contamination du personnel appelé en renfort et fait désormais partie des politiques à long terme de prévention des éclosions en Ontario.

Figure 1:

Nombre de cas confirmés et probables de COVID-19 chez les résidents, employés et visiteurs (n = 96) associés à une éclosion dans un ESLD, selon la date d’apparition des symptômes ou de collecte des échantillons (si asymptomatiques) en mars et avril 2020. La figure exclut 1 cas survenu chez un résident qui n’a présenté aucun symptôme avant son décès et n’a pas subi de test, mais qui a été considéré comme un cas probable par le bureau de santé.

Figure 2:

Arbre de probabilité maximale montrant les liens phylogénétiques entre 28 génomes de SRAS-CoV-2 provenant d’échantillons recueillis chez des résidents et des employés en mars et avril 2020. L’arbre part du génome de référence, Wuhan-Hu-1 (référence: MN908947.3). Remarque: L’analyse phylogénétique illustre les relations évolutionnaires entre les séquences. La longueur des branches horizontales correspond à la distance génétique (nombre de substitutions de nucléotides par site). ON-PHL-20-00238 est génétiquement distinct, avec 3 polymorphismes mononucléotidiques par rapport à la séquence la plus proche. *Un employé avait fait un voyage international avant l’éclosion.