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. 2022 Dec;40(10):546-549.
doi: 10.1016/j.eimce.2021.02.013.

First confirmation of importation and transmission in Spain of the newly identified SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant

Sergio Buenestado-Serrano  1 , Raúl Recio  2 , Pedro J Sola Campoy  1 , Pilar Catalán  3 , M Dolores Folgueira  2 , Jennifer Villa  2 , Irene Muñoz Gallego  2 , Víctor Manuel de la Cueva  1 , M Angeles Meléndez  2 , Cristina Andrés Zayas  4 , Juan E Losa-García  5 , M José Goyanes  5 , Arturo Fraile Torres  6 , Andres Von Wermitz  6 , Isabel Fradejas-Villajos  5 , Carmen Del Arco  7 , Carolina Campelo-Gutiérrez  5 , Sara González Bodi  2 , Daniel López-Wolf  8 , Higinio Iglesias-Franco  9 , Laura Pérez-Lago  1 , Araceli Arce Arnaez  10 , Elena Rodriguez Baena  10 , María Ordobas Gavin  10 , Patricia Muñoz  11 , Rafael Delgado  2 , Laura Cardeñoso  6 , Esther Viedma  2 , Darío García de Viedma  12 ; Gregorio Marañón Microbiology-ID COVID 19 Study Group, 12 de Octubre Microbiology COVID 19 Study Group, La Princesa Microbiology-ID COVID 19 Study Group, Hospital Alcorcón Microbiology-ID COVID 19 Group
Affiliations

First confirmation of importation and transmission in Spain of the newly identified SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant

Sergio Buenestado-Serrano et al. Enferm Infecc Microbiol Clin (Engl Ed). 2022 Dec.

Abstract
in English, Spanish

Introduction: A newly identified SARS-CoV-2 variant, VOC202012/01 originating lineage B.1.1.7, recently emerged in the United Kingdom. The rapid spread in the UK of this new variant has caused other countries to be vigilant.

Material and methods: We based our initial screening of B.1.1.7 on the dropout of the S gene signal in the TaqPath assay, caused by the 69/70 deletion. Subsequently, we confirmed the B.1.1.7 candidates by whole genome sequencing.

Results: We describe the first three imported cases of this variant from London to Madrid, subsequent post-arrival household transmission to three relatives, and the two first cases without epidemiological links to UK. One case required hospitalization. In all cases, drop-out of gene S was correctly associated to the B.1.1.7 variant, as all the corresponding sequences carried the 17 lineage-marker mutations.

Conclusion: The first identifications of the SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant in Spain indicate the role of independent introductions from the UK coexisting with post-arrival transmission in the community, since the early steps of this new variant in our country.

Introducción: Recientemente, ha surgido en Reino Unido una nueva variante de SARS-CoV-2, VOC202012/01, que origina el linaje B.1.1.7. Su rápida distribución en Reino Unido ha alertado a otros países a vigilar su presencia.

Material y métodos: El rastreo inicial de la variante B.1.1.7 se basó en la ausencia de amplificación del gen S en el ensayo TaqPath, causado por la deleción 69/70. Todos los casos candidatos de corresponder a la variante B.1.1.7 con este criterio fueron posteriormente confirmados por secuenciación de genoma completo.

Resultados: Describimos los primeros 3 casos importados de esta variante, desde Londres hasta Madrid, con la posterior transmisión domiciliaria de uno de estos casos a 3 familiares y, adicionalmente, los 2 primeros casos con la variante sin vínculo epidemiológico con Reino Unido. Uno de los casos requirió hospitalización. En todos los casos el criterio de no amplificación del gen S identificó con precisión la variante B.1.1.7, como demostró posteriormente la presencia de las 17 mutaciones marcadoras de este linaje.

Conclusión: Las primeras identificaciones de la variante B.1.1.7 de SARS-CoV-2 indican un papel solapante de las introducciones independientes desde Reino Unido, con eventos de transmisión comunitaria, incluso desde los primeros momentos de la presencia de esta variante en nuestro país.

Keywords: B.1.1.7; B.1.1.7, Importación; COVID-19; Importation; SARS-CoV-2; Transmisión; Transmission; WGS.

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Figures

Fig. 1
Fig. 1
Comparison of the sequences obtained from the cases identified in Spain; among them and against two UK original B.1.1.7 consensus references (GISAID: EPI_ISL_601443 and 581117; 20 and 21 September 2020).
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References

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Supplementary concepts