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. 2023 Mar 21;13(1):12-16.
doi: 10.5588/pha.22.0052.

Pooling sputum samples for Xpert® MTB/RIF and Xpert® Ultra testing for TB diagnosis

J S Bimba  1 , O A Adekeye  1 , V Iem  2 , T T Eliya  1 , I Osagie  1 , K Kontogianni  2 , T Edwards  2 , J Dodd  2 , S B Squire  2 , J Creswell  3 , L E Cuevas  1   2
Affiliations

Pooling sputum samples for Xpert® MTB/RIF and Xpert® Ultra testing for TB diagnosis

J S Bimba et al. Public Health Action. .

Abstract
in English, French

Background: The use of molecular amplification as-says for TB diagnosis is limited by their costs and cartridge stocks. Pooling multiple samples to test them together is reported to have similar accuracy to individual testing and to save costs.

Methods: Two surveys of individuals with presumptive TB were conducted to assess the performance of pooled testing using Xpert® MTB/RIF (MTB/RIF) and Xpert® Ultra (Ultra).

Results: A total of 500 individuals were tested using MTB/RIF, with 72 (14.4%) being MTB-positive. The samples were tested in 125 pools, with 50 pools having ⩾1 MTB-positive and 75 only MTB-negative samples: 46/50 (92%, 95% CI 80.8-97.8) MTB-positive pools tested MTB-positive and 71/75 (94.7%, 95% CI 86.9-98.5) MTB-negative pools tested MTB-negative in the pooled test (agreement: 93.6%, κ = 0.867). Five hundred additional samples were tested using Ultra, with 60 (12%) being MTB-positive. Samples were tested in 125 pools, with 42 having ⩾1 MTB-positive and 83 only MTB-negative samples: 35/42 (83.6%, 95% CI 68.6-93.0) MTB-positive pools tested MTB-positive and 82/83 (98.8%, 95% CI 93.5-100.0) MTB-negative pools tested MTB-negative in the pooled test (agreement: 93.6%, κ = 0.851; P > 0.1 between individual and pooled testing). Pooled testing saved 35% (MTB/RIF) and 46% (Ultra) of cartridges.

Conclusions: Pooled and individual testing has a high level of agreement and improves testing efficiency.

Contexte: Le coût et les stocks de cartouches des tests d’amplification moléculaire limitent leur utilisation pour le diagnostic de la TB. Regrouper plusieurs échantillons afin de les tester en même temps aurait une précision similaire à celle des tests individuels et permettrait de réaliser des économies.

Méthodes: Deux enquêtes ont été menées auprès de personnes avec une TB présumée afin d’évaluer la performance des tests groupés en utilisant le test Xpert® MTB/RIF (MTB/RIF) et le test Xpert® Ultra (Ultra).

Résultats: Au total, 500 personnes ont été testées par test MTB/RIF, dont 72 (14,4%) étaient MTB-positives. Les échantillons ont été testés dans 125 groupes, dont 50 groupes avaient ⩾1 échantillons MTB-positifs et 75 uniquement des échantillons MTB-négatifs : 46/50 (92% ; IC 95% 80,8–97,8) groupes MTB-positifs ont été testés MTB-positifs et 71/75 (94,7% ; IC 95% 86,9–98,5) groupes MTB-négatifs ont été testés MTB-négatifs dans le test groupé (concordance : 93,6% ; κ = 0,867). Cinq cents échantillons supplémentaires ont été testés par test Ultra, dont 60 (12%) étaient MTB-positifs. Les échantillons ont été testés dans 125 groupes, dont 42 avaient ⩾1 échantillons MTB-positifs et 83 uniquement des échantillons MTB-négatifs : 35/42 (83,6% ; IC 95% 68,6–93,0) groupes MTB-positifs ont été testés MTB-positifs et 82/83 (98,8% ; IC 95% 93,5–100,0) groupes MTB-négatifs ont été testés MTB-négatifs dans le test groupé (concordance : 93,6% ; κ = 0,851 ; P > 0,1 entre les tests individuels et groupés). Les tests groupés ont permis d’économiser 35% (MTB/RIF) et 46% (Ultra) des cartouches.

Conclusions: Les tests groupés et individuels présentent un niveau élevé de concordance et améliorent l’efficacité des tests.

Keywords: Nigeria; Xpert MTB/RIF; Xpert Ultra; pooling; sputum samples; tuberculosis diagnosis.

PubMed Disclaimer

Conflict of interest statement

Conflicts of interest: none declared.

References

    1. World Health Organization Tuberculosis: a global emergency. World Health Forum. 1993;14:438. - PubMed
    1. World Health Organization Global tuberculosis report, 2022. Geneva, Switzerland: WHO; 2022.
    1. World Health Organization Automated real-time nucleic acid amplification technology for rapid and simultaneous detection of tuberculosis and rifampicin resistance: Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary and extrapulmonary TB in adults and children. Policy update. Geneva, Switzerland: WHO; 2013. - PubMed
    1. Cepheid Critical infectious disease. Sunnyvale, CA, USA: Cepheid; 2022.
    1. Cuevas LE, et al. Systematic Review of Pooling Sputum as an Efficient Method for Xpert MTB/RIF Tuberculosis Testing during the COVID-19 Pandemic. Emerg Infect Dis J. 2021;27:719. - PMC - PubMed

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