doi: 10.1016/j.tim.2024.02.010.
Epub 2024 Mar 21.
Datathons: fostering equitability in data reuse in ecology
Datathon 2022 Consortium:; Stephanie D Jurburg
1
, María J Álvarez Blanco
2
, Antonis Chatzinotas
3
, Anahita Kazem
4
, Birgitta König-Ries
4
, Doreen Babin
5
, Kornelia Smalla
5
, Victoria Cerecetto
6
, Gabriela Fernandez-Gnecco
7
, Fernanda Covacevich
8
, Emilce Viruel
9
, Yesica Bernaschina
10
, Carolina Leoni
11
, Silvia Garaycochea
12
, Jose A Terra
13
, Pablo Fresia
14
, Eva Lucía Margarita Figuerola
15
, Luis Gabriel Wall
16
, Julieta Mariana Covelli
17
, Ana Carolina Agnello
18
, Esteban Emanuel Nieto
18
, Sabrina Festa
18
, Lina Edith Dominici
19
, Marco Allegrini
20
, María Celina Zabaloy
21
, Marianela Estefanía Morales
21
, Leonardo Erijman
22
, Anahi Coniglio
23
, Fabricio Dario Cassán
23
, Sofia Nievas
23
, Diego M Roldán
24
, Rodolfo Menes
25
, Patricia Vaz Jauri
26
, Carla Silva Marrero
27
, Adriana Montañez Massa
27
, María Adelina Morel Revetria
28
, Ana Fernández-Scavino
29
, Luciana Pereira-Mora
29
, Soledad Martínez
30
, Juan Pablo Frene
31
Affiliations
Affiliations
- 1 Department of Applied Microbial Ecology, Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), 04318 Leipzig, Germany; German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, 04103 Leipzig, Germany. Electronic address: s.d.jurburg@gmail.com.
- 2 Department of Applied Microbial Ecology, Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), 04318 Leipzig, Germany; German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, 04103 Leipzig, Germany. Electronic address: maria.alvbla@gmail.com.
- 3 Department of Applied Microbial Ecology, Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), 04318 Leipzig, Germany; German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, 04103 Leipzig, Germany; Institute of Biology, Leipzig University, 04103 Leipzig, Germany.
- 4 German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, 04103 Leipzig, Germany; Department of Mathematics and Computer Science, Friedrich Schiller University Jena, 07743 Jena, Thüringen, Germany.
- 5 Julius Kühn Institute (JKI) - Federal Research Centre for Cultivated Plants, Institute for Epidemiology and Pathogen Diagnostics, 38104 Braunschweig, Germany.
- 6 Julius Kühn Institute (JKI) - Federal Research Centre for Cultivated Plants, Institute for Epidemiology and Pathogen Diagnostics, 38104 Braunschweig, Germany; Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Área de Recursos Naturales, Producción y Ambiente, Estación Experimental INIA Las Brujas, Ruta 48 km 10, Canelones, Uruguay.
- 7 Julius Kühn Institute (JKI) - Federal Research Centre for Cultivated Plants, Institute for Epidemiology and Pathogen Diagnostics, 38104 Braunschweig, Germany; Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Biotecnología-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (INBIOTEC-CONICET), Mar del Plata, Buenos Aires, Argentina.
- 8 Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Biotecnología-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (INBIOTEC-CONICET), Mar del Plata, Buenos Aires, Argentina; Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria, Estación Experimental Agropecuaria Balcarce (INTA, EEA Balcarce), Balcarce, Buenos Aires, Argentina.
- 9 Instituto de Investigación Animal del Chaco Semiárido (IIACS), Centro de Investigaciones Agropecuarias (CIAP), Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA), Tucumán, Argentina.
- 10 Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Sistema Vegetal Intensivo, Estación Experimental INIA Las Brujas, Ruta 48 km 10, Canelones, Uruguay.
- 11 Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Área de Recursos Naturales, Producción y Ambiente, Estación Experimental INIA Las Brujas, Ruta 48 km 10, Canelones, Uruguay; Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Sistema Vegetal Intensivo, Estación Experimental INIA Las Brujas, Ruta 48 km 10, Canelones, Uruguay.
- 12 Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Área de Recursos Naturales, Producción y Ambiente, Estación Experimental INIA Las Brujas, Ruta 48 km 10, Canelones, Uruguay; Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Área Mejoramiento Genético y Biotecnología Vegetal, Estación Experimental INIA Las Brujas, Ruta 48 km 10, Canelones, Uruguay.
- 13 Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Sistema Arroz-Ganadería, Estación Experimental INIA Treinta y Tres, Ruta 8 km 282, Treinta y Tres, Uruguay.
- 14 Unidad Mixta Pasteur + INIA (UMPI), Institut Pasteur de Montevideo, Montevideo, Uruguay.
- 15 Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina; Instituto de Biociencias, Biotecnología y Biología Traslacional, Departamento de Fisiología y Biología Molecular y Celular, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires (UBA), Buenos Aires, Argentina.
- 16 Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina; Laboratorio de Bioquímica y Biología de Suelos, Centro de Bioquímica y Microbiología de Suelos, Universidad Nacional de Quilmes (UNQ), Bernal, Buenos Aires, Argentina.
- 17 Laboratorio de Bioquímica y Biología de Suelos, Centro de Bioquímica y Microbiología de Suelos, Universidad Nacional de Quilmes (UNQ), Bernal, Buenos Aires, Argentina.
- 18 Centro de Investigación y Desarrollo en Fermentaciones Industriales (CINDEFI, CONICET-UNLP), La Plata, Argentina.
- 19 Centro de Investigación y Desarrollo en Tecnología de Pinturas y Recubrimientos (CIDEPINT, CICPBA-CONICET-UNLP), La Plata, Argentina.
- 20 Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida (CERZOS, CONICET-UNS), Bahía Blanca, Buenos Aires, Argentina.
- 21 Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida (CERZOS, CONICET-UNS), Bahía Blanca, Buenos Aires, Argentina; Departamento de Agronomía, Universidad Nacional del Sur (UNS), Bahía Blanca, Argentina.
- 22 Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular, Dr Héctor N Torres' (INGEBI-CONICET), Buenos Aires, Argentina; Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular 'Dr Héctor Maldonado', Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina.
- 23 Laboratorio de Fisiología Vegetal y de la Interacción Planta Microorganismo (LFVIPM), Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas (INIAB-CONICET), Facultad de Ciencias Exactas Físico-Químicas y Naturales, Universidad Nacional de Río Cuarto (UNRC), Río Cuarto, Córdoba, Argentina.
- 24 Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE), Ministerio de Educación y Cultura, Montevideo, Uruguay; Laboratorio de Ecología Microbiana Medioambiental, Facultad de Química, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay.
- 25 Laboratorio de Ecología Microbiana Medioambiental, Facultad de Química, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay; Laboratorio de Microbiología, Unidad Asociada del Instituto de Química Biológica, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay.
- 26 Laboratorio de Microbiología de Suelos, Instituto de Ecología y Ciencias Ambientales, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay; Laboratorio de Interacción Planta-Microorganismo, Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE), Montevideo, Uruguay.
- 27 Laboratorio de Microbiología de Suelos, Instituto de Ecología y Ciencias Ambientales, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay.
- 28 Laboratorio de Microbiología de Suelos, Instituto de Ecología y Ciencias Ambientales, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay; Laboratorio de Microbiología Molecular, Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE), Montevideo, Uruguay.
- 29 Laboratorio de Ecología Microbiana y Microbiología Ambiental, Departamento de Biociencias, Facultad de Química, Universidad de la República (UdelarR), Montevideo, Uruguay.
- 30 Laboratorio de Biotecnología, Departamento de Biociencias, Unidad de Análisis de Agua, Facultad de Química, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay.
- 31 School of Biosciences, University of Nottingham, Sutton Bonington, LE12 5RD, UK.
- PMID: 38519354
- DOI: 10.1016/j.tim.2024.02.010
Item in Clipboard
Datathons: fostering equitability in data reuse in ecology
Datathon 2022 Consortium: et al.
Trends Microbiol.
2024 May.
Free article
Display options
Format
doi: 10.1016/j.tim.2024.02.010.
Epub 2024 Mar 21.
Authors
Datathon 2022 Consortium:; Stephanie D Jurburg
1
, María J Álvarez Blanco
2
, Antonis Chatzinotas
3
, Anahita Kazem
4
, Birgitta König-Ries
4
, Doreen Babin
5
, Kornelia Smalla
5
, Victoria Cerecetto
6
, Gabriela Fernandez-Gnecco
7
, Fernanda Covacevich
8
, Emilce Viruel
9
, Yesica Bernaschina
10
, Carolina Leoni
11
, Silvia Garaycochea
12
, Jose A Terra
13
, Pablo Fresia
14
, Eva Lucía Margarita Figuerola
15
, Luis Gabriel Wall
16
, Julieta Mariana Covelli
17
, Ana Carolina Agnello
18
, Esteban Emanuel Nieto
18
, Sabrina Festa
18
, Lina Edith Dominici
19
, Marco Allegrini
20
, María Celina Zabaloy
21
, Marianela Estefanía Morales
21
, Leonardo Erijman
22
, Anahi Coniglio
23
, Fabricio Dario Cassán
23
, Sofia Nievas
23
, Diego M Roldán
24
, Rodolfo Menes
25
, Patricia Vaz Jauri
26
, Carla Silva Marrero
27
, Adriana Montañez Massa
27
, María Adelina Morel Revetria
28
, Ana Fernández-Scavino
29
, Luciana Pereira-Mora
29
, Soledad Martínez
30
, Juan Pablo Frene
31
Affiliations
- 1 Department of Applied Microbial Ecology, Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), 04318 Leipzig, Germany; German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, 04103 Leipzig, Germany. Electronic address: s.d.jurburg@gmail.com.
- 2 Department of Applied Microbial Ecology, Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), 04318 Leipzig, Germany; German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, 04103 Leipzig, Germany. Electronic address: maria.alvbla@gmail.com.
- 3 Department of Applied Microbial Ecology, Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), 04318 Leipzig, Germany; German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, 04103 Leipzig, Germany; Institute of Biology, Leipzig University, 04103 Leipzig, Germany.
- 4 German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, 04103 Leipzig, Germany; Department of Mathematics and Computer Science, Friedrich Schiller University Jena, 07743 Jena, Thüringen, Germany.
- 5 Julius Kühn Institute (JKI) - Federal Research Centre for Cultivated Plants, Institute for Epidemiology and Pathogen Diagnostics, 38104 Braunschweig, Germany.
- 6 Julius Kühn Institute (JKI) - Federal Research Centre for Cultivated Plants, Institute for Epidemiology and Pathogen Diagnostics, 38104 Braunschweig, Germany; Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Área de Recursos Naturales, Producción y Ambiente, Estación Experimental INIA Las Brujas, Ruta 48 km 10, Canelones, Uruguay.
- 7 Julius Kühn Institute (JKI) - Federal Research Centre for Cultivated Plants, Institute for Epidemiology and Pathogen Diagnostics, 38104 Braunschweig, Germany; Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Biotecnología-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (INBIOTEC-CONICET), Mar del Plata, Buenos Aires, Argentina.
- 8 Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Biotecnología-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (INBIOTEC-CONICET), Mar del Plata, Buenos Aires, Argentina; Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria, Estación Experimental Agropecuaria Balcarce (INTA, EEA Balcarce), Balcarce, Buenos Aires, Argentina.
- 9 Instituto de Investigación Animal del Chaco Semiárido (IIACS), Centro de Investigaciones Agropecuarias (CIAP), Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA), Tucumán, Argentina.
- 10 Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Sistema Vegetal Intensivo, Estación Experimental INIA Las Brujas, Ruta 48 km 10, Canelones, Uruguay.
- 11 Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Área de Recursos Naturales, Producción y Ambiente, Estación Experimental INIA Las Brujas, Ruta 48 km 10, Canelones, Uruguay; Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Sistema Vegetal Intensivo, Estación Experimental INIA Las Brujas, Ruta 48 km 10, Canelones, Uruguay.
- 12 Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Área de Recursos Naturales, Producción y Ambiente, Estación Experimental INIA Las Brujas, Ruta 48 km 10, Canelones, Uruguay; Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Área Mejoramiento Genético y Biotecnología Vegetal, Estación Experimental INIA Las Brujas, Ruta 48 km 10, Canelones, Uruguay.
- 13 Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Sistema Arroz-Ganadería, Estación Experimental INIA Treinta y Tres, Ruta 8 km 282, Treinta y Tres, Uruguay.
- 14 Unidad Mixta Pasteur + INIA (UMPI), Institut Pasteur de Montevideo, Montevideo, Uruguay.
- 15 Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina; Instituto de Biociencias, Biotecnología y Biología Traslacional, Departamento de Fisiología y Biología Molecular y Celular, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires (UBA), Buenos Aires, Argentina.
- 16 Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina; Laboratorio de Bioquímica y Biología de Suelos, Centro de Bioquímica y Microbiología de Suelos, Universidad Nacional de Quilmes (UNQ), Bernal, Buenos Aires, Argentina.
- 17 Laboratorio de Bioquímica y Biología de Suelos, Centro de Bioquímica y Microbiología de Suelos, Universidad Nacional de Quilmes (UNQ), Bernal, Buenos Aires, Argentina.
- 18 Centro de Investigación y Desarrollo en Fermentaciones Industriales (CINDEFI, CONICET-UNLP), La Plata, Argentina.
- 19 Centro de Investigación y Desarrollo en Tecnología de Pinturas y Recubrimientos (CIDEPINT, CICPBA-CONICET-UNLP), La Plata, Argentina.
- 20 Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida (CERZOS, CONICET-UNS), Bahía Blanca, Buenos Aires, Argentina.
- 21 Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida (CERZOS, CONICET-UNS), Bahía Blanca, Buenos Aires, Argentina; Departamento de Agronomía, Universidad Nacional del Sur (UNS), Bahía Blanca, Argentina.
- 22 Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular, Dr Héctor N Torres' (INGEBI-CONICET), Buenos Aires, Argentina; Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular 'Dr Héctor Maldonado', Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina.
- 23 Laboratorio de Fisiología Vegetal y de la Interacción Planta Microorganismo (LFVIPM), Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas (INIAB-CONICET), Facultad de Ciencias Exactas Físico-Químicas y Naturales, Universidad Nacional de Río Cuarto (UNRC), Río Cuarto, Córdoba, Argentina.
- 24 Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE), Ministerio de Educación y Cultura, Montevideo, Uruguay; Laboratorio de Ecología Microbiana Medioambiental, Facultad de Química, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay.
- 25 Laboratorio de Ecología Microbiana Medioambiental, Facultad de Química, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay; Laboratorio de Microbiología, Unidad Asociada del Instituto de Química Biológica, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay.
- 26 Laboratorio de Microbiología de Suelos, Instituto de Ecología y Ciencias Ambientales, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay; Laboratorio de Interacción Planta-Microorganismo, Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE), Montevideo, Uruguay.
- 27 Laboratorio de Microbiología de Suelos, Instituto de Ecología y Ciencias Ambientales, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay.
- 28 Laboratorio de Microbiología de Suelos, Instituto de Ecología y Ciencias Ambientales, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay; Laboratorio de Microbiología Molecular, Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE), Montevideo, Uruguay.
- 29 Laboratorio de Ecología Microbiana y Microbiología Ambiental, Departamento de Biociencias, Facultad de Química, Universidad de la República (UdelarR), Montevideo, Uruguay.
- 30 Laboratorio de Biotecnología, Departamento de Biociencias, Unidad de Análisis de Agua, Facultad de Química, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay.
- 31 School of Biosciences, University of Nottingham, Sutton Bonington, LE12 5RD, UK.
- PMID: 38519354
- DOI: 10.1016/j.tim.2024.02.010
Item in Clipboard
Display options
Format
Abstract
Approaches to rapidly collecting global biodiversity data are increasingly important, but biodiversity blind spots persist. We organized a three-day Datathon event to improve the openness of local biodiversity data and facilitate data reuse by local researchers. The first Datathon, organized among microbial ecologists in Uruguay and Argentina assembled the largest microbiome dataset in the region to date and formed collaborative consortia for microbiome data synthesis.
Copyright © 2024 The Author(s). Published by Elsevier Ltd.. All rights reserved.
Conflict of interest statement
Declaration of interests The authors declare no competing interests.
References
Publication types
MeSH terms
LinkOut - more resources
Full Text Sources