First detection of influenza A virus subtypes H1N1 and H3N8 in the Antarctic region: King George Island, 2023
- PMID: 39361931
- DOI: 10.36233/0507-4088-257
First detection of influenza A virus subtypes H1N1 and H3N8 in the Antarctic region: King George Island, 2023
Abstract
Relevance: Influenza A virus is characterized by a segmented single-stranded RNA genome. Such organization of the virus genome determines the possibility of reassortment, which can lead to the emergence of new virus variants. The main natural reservoir of most influenza A virus subtypes are wild waterfowl. Seasonal migrations gather waterfowl from all major migration routes to nesting areas near the northern and southern polar circles. This makes intercontinental spread of influenza A viruses possible. Objective ‒ to conduct molecular genetic monitoring and study the phylogenetic relationships of influenza A virus variants circulating in Antarctica in 2023.
Materials and methods: We studied 84 samples of biological material obtained from birds and marine mammals in April‒May 2023 in coastal areas of Antarctica. For 3 samples, sequencing was performed on the Miseq, Illumina platform and phylogenetic analysis of the obtained nucleotide sequences of the influenza A virus genomes was performed.
Results: The circulation of avian influenza virus in the Antarctic region was confirmed. Heterogeneity of the pool of circulating variants of the influenza A virus (H3N8, H1N1) was revealed. Full-length genomes of the avian influenza virus were sequenced and posted in the GISAID database (EPI_ISL_19032103, 19174530, 19174467).
Conclusion: The study of the genetic diversity of influenza A viruses circulating in the polar regions of the Earth and the identification of the conditions for the emergence of new genetic variants is a relevant task for the development of measures to prevent biological threats.
Актуальность. Вирус гриппа типа «А» (далее ‒ вирус гриппа А) относится к семейству Orthomyxoviridae и характеризуется сегментированным одноцепочечным РНК-геномом. Такая организация генома вируса обусловливает возможность реассортации, которая может приводить к появлению новых вариантов вируса. Основным естественным резервуаром большинства субтипов вируса гриппа A являются дикие водоплавающие птицы. Сезонные миграции собирают водоплавающих птиц со всех основных миграционных путей в районы гнездования около Северного и Южного полярных кругов. Это делает возможным межконтинентальное распространение субтипов вируса гриппа А. Наблюдение за развитием птичьего гриппа, особенно на территориях, ранее изолированных от человеческой деятельности, каким является Антарктический регион, имеет большое значение. Цель исследования ‒ проведение молекулярно-генетического мониторинга и изучение филогенетических связей вариантов вируса гриппа А, циркулирующего на территории Антарктики в 2023 г. Материалы и методы. Исследовали 84 образца биологического материала, полученного от птиц и морских млекопитающих в апреле–мае 2023 г. на прибрежных территориях Антарктики. Для 3 образцов проводили секвенирование на платформе Miseq, Illumina и филогенетический анализ полученных нуклеотидных последовательностей геномов вируса гриппа А. Результаты. Подтверждена циркуляция птичьего гриппа в Антарктическом регионе. Выявлена гетерогенность пула циркулировавших вариантов вируса гриппа А (H3N8, H1N1). Секвенированы полноразмерные геномы вируса птичьего гриппа и размещены в открытой базе данных GISAID, что дополняет глобальную картину эволюционной изменчивости вирусов гриппа в мире (EPI_ISL_19032103, 19174530, 19174467). Заключение. Изучение генетического разнообразия циркулирующих в полярных регионах Земли вирусов гриппа А и выявление присущих им условий возникновения новых генетических вариантов имеет важное теоретическое значение с научной точки зрения и является актуальной задачей для разработки мер по предотвращению биологических угроз.
Keywords: Antarctica; avian influenza virus; subtype H1N1; subtype H3N8; whole genome sequencing.
References
Publication types
MeSH terms
LinkOut - more resources
Medical
Miscellaneous