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. 2024 Dec 1;14(4):152-157.
doi: 10.5588/pha.24.0029. eCollection 2024 Dec.

Sputum culture contamination and associated characteristics in a diagnostic clinical trial, Papua New Guinea

N D Tenakanai  1 , J K Banamu  2 , Y Lin  1 , D Walsh  1 , R Simbil  3 , M Globan  4 , A Penn-Nicholson  5 , P du Cros  1 , J Greig  1
Affiliations

Sputum culture contamination and associated characteristics in a diagnostic clinical trial, Papua New Guinea

N D Tenakanai et al. Public Health Action. .

Abstract
in English, French

Setting: Papua New Guinea is a high-burden multidrug-resistant TB (MDR/RR-TB) country that reports low rates of bacteriological confirmation. Sputum drug susceptibility testing for second-line drugs is important. Access to culture is limited.

Objective: To evaluate the prevalence of mycobacterial sputum sample culture contamination and determine factors associated with contamination.

Design: A retrospective analysis of data from a TB diagnostic accuracy study that used culture as the diagnostic reference standard. Data included characteristics of people with presumptive pulmonary TB who provided sputum, sputum quality and culture results.

Results: Sputum (1-3 samples) was collected from 174 adults. The median age was 33 years (IQR 24-47). Of 337 samples sent for culture, 28% were contaminated. Contamination was strongly associated with samples self-collected by participants outside clinic hours (aOR 5.69; 95% CI 2.62-12.38). Contamination risk increased with delays in shipping to the reference laboratory (aOR 1.19 per day, 95% CI 1.10-1.29) beyond the minimum 3 days. Contamination was less frequent among people aged 35-44 years compared to 18-24 years (aOR 0.27, 95% CI 0.10-0.73). Sputum quality was not associated with culture contamination.

Conclusion: Culture contamination could be reduced using spot sputum collection, expedited submission to laboratories and faster shipping when required.

Contexte: La Papouasie-Nouvelle-Guinée est un pays où la TB multirésistante (MDR-TB) est largement répandue, et les taux de confirmation bactériologique y sont faibles. Il est essentiel de réaliser des tests de sensibilité des expectorations aux médicaments de deuxième ligne. L'accès à la culture est restreint.

Objectif: Évaluer la fréquence de la contamination des cultures d'échantillons d'expectorations mycobactériennes et identifier les facteurs liés à cette contamination.

Méthodes: Analyse rétrospective des données d'une recherche concernant la précision du diagnostic de la TB, ayant utilisé la culture comme référence pour établir le diagnostic. Les données incluaient les caractéristiques des individus présentant une TB pulmonaire présumée ayant fourni des échantillons d'expectorations, ainsi que la qualité de ces échantillons et les résultats des cultures.

Résultats: Des échantillons d'expectorations (1 à 3 échantillons) ont été recueillies auprès de 174 adultes. L'âge médian des participants était de 33 ans (IQR 24–47). Parmi les 337 échantillons envoyés pour culture, 28% se sont révélés contaminés. Cette contamination était fortement liée aux échantillons prélevés par les participants eux-mêmes en dehors des heures d'ouverture des cliniques, avec un odds ratio ajusté (ORa) de 5,69 et un intervalle de confiance à 95% (IC 95%) de 2,62 à 12,38. De plus, le risque de contamination augmentait avec le temps d'expédition vers le laboratoire de référence, avec un ORa de 1,19 par jour (IC 95% 1,10–1,29) au-delà d'un délai minimum de 3 jours. Il a également été observé que la contamination était moins fréquente chez les individus âgés de 35 à 44 ans par rapport à ceux de 18 à 24 ans, avec un ORa de 0,27 (IC 95% 0,10–0,73). Enfin, la qualité des expectorations ne semblait pas avoir d'association avec la contamination par culture.

Conclusion: La contamination par culture pourrait être réduite par la collecte régulière d'expectorations, une transmission rapide aux laboratoires et un envoi plus efficace en cas de nécessité.

Keywords: self-collected sputum; specimen transport; tuberculosis.

PubMed Disclaimer

Conflict of interest statement

Conflict of interest: none declared.

Figures

FIGURE.
FIGURE.
Time in days between sputum collection, decontamination and refrigerated storage in the study laboratory and shipping and inoculation in the reference laboratory, categorised by contamination status of the sample culture.
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References

    1. World Health Organization . Global tuberculosis report, 2023. Geneva, Switzerland: WHO, 2023.
    1. World Health Organization . Tuberculosis Profile: Papua New Guinea, 2022 data. Geneva, Switzerland: WHO, 2022.
    1. Lavu EK, et al. . Drug-resistant tuberculosis diagnosis since Xpert® MTB/RIF introduction in Papua New Guinea, 2012–2017. Public Health Action. 2019;9(Suppl 1):S18. - PMC - PubMed
    1. Banamu JK, et al. . Impact of GxAlert on the management of rifampicin-resistant tuberculosis patients, Port Moresby, Papua New Guinea. Public Health Action. 2019;9(Suppl 1):S24. - PMC - PubMed
    1. Penn-Nicholson A, et al. . A prospective multicentre diagnostic accuracy study for the Truenat tuberculosis assays. Eur Respir J. 2021;58(5):2100526. - PMC - PubMed

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