doi: 10.1016/j.cmi.2024.12.018.
Epub 2024 Dec 24.
Performance of whole genome sequencing for respiratory syncytial virus: insights from the first external quality assessment, France, 2024
Alice Moisan
1
, Hadrien Regue
2
, Yannis Rahou
3
, Alexandre Gaymard
2
, Antoine Oblette
2
, Léa Avon
3
, Nathalie Bergaud
2
, Richard Chalvignac
2
, Quentin Le Hingrat
4
, Sonia Burrel
5
, Aude Jary
6
, Philippe Colson
7
, Pierre Cappy
8
, Luc Deroche
9
, Véronique Brodard
10
, Charlotte Pronier
11
, Elodie Alessandri-Gradt
1
, Maud Salmona
12
, Lionel Chollet
13
, Pauline Trémeaux
14
, Lynda Handala
15
, Slim Fourati
8
, Bruno Lina
2
, Jean-Sébastien Casalegno
2
; ANRS-MIE Technology Working Group; Marie-Anne Rameix-Welti
30
, Laurence Josset
2
, Antonin Bal
31
Collaborators,
Affiliations
Collaborators
-
ANRS-MIE Technology Working Group:
Nadhira Houhou 16 , Romane Guilbaud 16 , Thibault Saint-Joannis 16 , Naël Zemali 17 , Pantxika Bellecave 17 , Lucie Mazarguil 17 , Valentine Lesourd-Aubert 17 , Stéphane Marot 18 , Valentin Leducq 18 , Théophile Cocherie 18 , Antoine Fauchois 18 , Vincent Calvez 18 , Anne-Geneviève Marcelin 18 , Bernard La Scola 19 , Céline Boschi 19 , Sarah Seng 20 , Arnaud Ly 20 , Hélène Moret 21 , Mme Magda Curci 21 , Mme Marion Couteau 21 , Claire Grolhier 22 , Vincent Thibault 22 , Mohamed Sassi 22 , Chloé Dubus 23 , Marie Leoz 23 , Fanny Lermechain 23 , Jean-Christophe Plantier 23 , Fabienne Tombette 23 , Marie-Laure Nere 24 , Audrey Gabassi 24 , Abdeljalil Senhaji Rachik 24 , Sarah Mafi 24 , Jérôme Le Goff 24 , Cécile Poggi 25 , Anne Lise Toyer 25 , Marie Domine 25 , Vincent Gardan 25 , Romain Carcenac 26 , Sofia Demmou 26 , Justine Latour 26 , Camille Vellas 26 , Thibault Guinoiseau 27 , Yoan Laforgue 27 , Sophie Trouillet Assant 28 , Quentin Semanas 28 , Gregory Destras 28 , Jerome Bourret 29 , Samar Berreira Ibraim 29 , Emilie Yab 29 , Emma Bezot 29 , Florian Prejean 29
Affiliations
- 1 Univ Rouen Normandie, Université de Caen Normandie, INSERM, Normandie Univ, DYNAMICURE UMR 1311, CHU Rouen, Department of Virology, F-76000 Rouen, France.
- 2 Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Université de Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, Lyon, France; GenEPII Sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
- 3 Centre National de Référence Virus des Infections Respiratoire (CNR VIR), M3P, Institut Pasteur Université Paris Cité, Paris, France.
- 4 Inserm, IAME, Université Paris Cité, Paris, France; Service de Virologie, AP-HP, Hôpital Bichat-Claude Bernard, Paris, France.
- 5 Service de Virologie, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France; Université de Bordeaux, MFP CNRS UMR 5234, Bordeaux, France.
- 6 Sorbonne Université, INSERM, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Service de Virologie, Paris, France.
- 7 Microbes Evolution Phylogeny and Infections (MEPHI), Aix-Marseille University (AMU), 19-21 Boulevard Jean Moulin, Marseille, France; IHU Méditerranée Infection, Marseille, France; Assistance Publique-Hôpitaux de Marseille (AP-HM), Marseille, France.
- 8 Département de Virologie, Bactériologie, Hygiène et Mycologie-Parasitologie, Centre Hospitalier Universitaire Henri-Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Créteil, France; INSERM U955, équipe 18, Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Université Paris-Est Créteil (UPEC), Créteil, France.
- 9 Laboratoire de Virologie et Mycobactériologie, CHU Poitiers, Poitiers, France.
- 10 Laboratoire de Virologie, CHU REIMS, Reims, France.
- 11 Virology Department, University of Rennes, CHU Rennes, Inserm, EHESP, Institut de recherche en santé, environnement et Travail (Irset), UMR_S 1085, Rennes, France.
- 12 Laboratoire de Virologie, AP-HP, Hôpital Saint Louis, Paris, France; INSIGHT U976, INSERM, Université Paris Cité, Paris, France.
- 13 Laboratoire de Biologie Médicale, Hôpital Sainte Musse, Centre Hospitalier Intercommunal de Toulon La Seyne sur Mer, Toulon, France.
- 14 Laboratoire de Virologie, CHU de Toulouse, Toulouse, France.
- 15 Virology and Emergence Units, Department of Bacteriology, Virology and Hospital Hygiene, University Hospital of Tours, Tours, France; INSERM U1259 MAVIVHe, Tours of University, Tours, France.
- 16 Bichat, France.
- 17 Bordeaux, France.
- 18 La Pitié-Salpêtrière, France.
- 19 Marseille, France.
- 20 Mondor, France.
- 21 Reims, France.
- 22 Rennes, France.
- 23 Rouen, France.
- 24 Saint-Louis, France.
- 25 Toulon, France.
- 26 Toulouse, France.
- 27 Tours, France.
- 28 Lyon, France.
- 29 Pasteur, France.
- 30 Centre National de Référence Virus des Infections Respiratoire (CNR VIR), M3P, Institut Pasteur Université Paris Cité, Paris, France; M3P, Institut Pasteur, Université Paris-Saclay, Université de Versailles St. Quentin, Université Paris Cité, UMR 1173 (2I), INSERM, Assistance Publique des Hôpitaux de Paris, Paris, France.
- 31 Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Université de Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, Lyon, France; GenEPII Sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France. Electronic address: antonin.bal@chu-lyon.fr.
- PMID: 39725080
- DOI: 10.1016/j.cmi.2024.12.018
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Performance of whole genome sequencing for respiratory syncytial virus: insights from the first external quality assessment, France, 2024
Alice Moisan et al.
Clin Microbiol Infect.
2025 Apr.
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Format
doi: 10.1016/j.cmi.2024.12.018.
Epub 2024 Dec 24.
Authors
Alice Moisan
1
, Hadrien Regue
2
, Yannis Rahou
3
, Alexandre Gaymard
2
, Antoine Oblette
2
, Léa Avon
3
, Nathalie Bergaud
2
, Richard Chalvignac
2
, Quentin Le Hingrat
4
, Sonia Burrel
5
, Aude Jary
6
, Philippe Colson
7
, Pierre Cappy
8
, Luc Deroche
9
, Véronique Brodard
10
, Charlotte Pronier
11
, Elodie Alessandri-Gradt
1
, Maud Salmona
12
, Lionel Chollet
13
, Pauline Trémeaux
14
, Lynda Handala
15
, Slim Fourati
8
, Bruno Lina
2
, Jean-Sébastien Casalegno
2
; ANRS-MIE Technology Working Group; Marie-Anne Rameix-Welti
30
, Laurence Josset
2
, Antonin Bal
31
Collaborators
-
ANRS-MIE Technology Working Group:
Nadhira Houhou 16 , Romane Guilbaud 16 , Thibault Saint-Joannis 16 , Naël Zemali 17 , Pantxika Bellecave 17 , Lucie Mazarguil 17 , Valentine Lesourd-Aubert 17 , Stéphane Marot 18 , Valentin Leducq 18 , Théophile Cocherie 18 , Antoine Fauchois 18 , Vincent Calvez 18 , Anne-Geneviève Marcelin 18 , Bernard La Scola 19 , Céline Boschi 19 , Sarah Seng 20 , Arnaud Ly 20 , Hélène Moret 21 , Mme Magda Curci 21 , Mme Marion Couteau 21 , Claire Grolhier 22 , Vincent Thibault 22 , Mohamed Sassi 22 , Chloé Dubus 23 , Marie Leoz 23 , Fanny Lermechain 23 , Jean-Christophe Plantier 23 , Fabienne Tombette 23 , Marie-Laure Nere 24 , Audrey Gabassi 24 , Abdeljalil Senhaji Rachik 24 , Sarah Mafi 24 , Jérôme Le Goff 24 , Cécile Poggi 25 , Anne Lise Toyer 25 , Marie Domine 25 , Vincent Gardan 25 , Romain Carcenac 26 , Sofia Demmou 26 , Justine Latour 26 , Camille Vellas 26 , Thibault Guinoiseau 27 , Yoan Laforgue 27 , Sophie Trouillet Assant 28 , Quentin Semanas 28 , Gregory Destras 28 , Jerome Bourret 29 , Samar Berreira Ibraim 29 , Emilie Yab 29 , Emma Bezot 29 , Florian Prejean 29
Affiliations
- 1 Univ Rouen Normandie, Université de Caen Normandie, INSERM, Normandie Univ, DYNAMICURE UMR 1311, CHU Rouen, Department of Virology, F-76000 Rouen, France.
- 2 Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Université de Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, Lyon, France; GenEPII Sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
- 3 Centre National de Référence Virus des Infections Respiratoire (CNR VIR), M3P, Institut Pasteur Université Paris Cité, Paris, France.
- 4 Inserm, IAME, Université Paris Cité, Paris, France; Service de Virologie, AP-HP, Hôpital Bichat-Claude Bernard, Paris, France.
- 5 Service de Virologie, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France; Université de Bordeaux, MFP CNRS UMR 5234, Bordeaux, France.
- 6 Sorbonne Université, INSERM, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Service de Virologie, Paris, France.
- 7 Microbes Evolution Phylogeny and Infections (MEPHI), Aix-Marseille University (AMU), 19-21 Boulevard Jean Moulin, Marseille, France; IHU Méditerranée Infection, Marseille, France; Assistance Publique-Hôpitaux de Marseille (AP-HM), Marseille, France.
- 8 Département de Virologie, Bactériologie, Hygiène et Mycologie-Parasitologie, Centre Hospitalier Universitaire Henri-Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Créteil, France; INSERM U955, équipe 18, Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Université Paris-Est Créteil (UPEC), Créteil, France.
- 9 Laboratoire de Virologie et Mycobactériologie, CHU Poitiers, Poitiers, France.
- 10 Laboratoire de Virologie, CHU REIMS, Reims, France.
- 11 Virology Department, University of Rennes, CHU Rennes, Inserm, EHESP, Institut de recherche en santé, environnement et Travail (Irset), UMR_S 1085, Rennes, France.
- 12 Laboratoire de Virologie, AP-HP, Hôpital Saint Louis, Paris, France; INSIGHT U976, INSERM, Université Paris Cité, Paris, France.
- 13 Laboratoire de Biologie Médicale, Hôpital Sainte Musse, Centre Hospitalier Intercommunal de Toulon La Seyne sur Mer, Toulon, France.
- 14 Laboratoire de Virologie, CHU de Toulouse, Toulouse, France.
- 15 Virology and Emergence Units, Department of Bacteriology, Virology and Hospital Hygiene, University Hospital of Tours, Tours, France; INSERM U1259 MAVIVHe, Tours of University, Tours, France.
- 16 Bichat, France.
- 17 Bordeaux, France.
- 18 La Pitié-Salpêtrière, France.
- 19 Marseille, France.
- 20 Mondor, France.
- 21 Reims, France.
- 22 Rennes, France.
- 23 Rouen, France.
- 24 Saint-Louis, France.
- 25 Toulon, France.
- 26 Toulouse, France.
- 27 Tours, France.
- 28 Lyon, France.
- 29 Pasteur, France.
- 30 Centre National de Référence Virus des Infections Respiratoire (CNR VIR), M3P, Institut Pasteur Université Paris Cité, Paris, France; M3P, Institut Pasteur, Université Paris-Saclay, Université de Versailles St. Quentin, Université Paris Cité, UMR 1173 (2I), INSERM, Assistance Publique des Hôpitaux de Paris, Paris, France.
- 31 Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Université de Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, Lyon, France; GenEPII Sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France. Electronic address: antonin.bal@chu-lyon.fr.
- PMID: 39725080
- DOI: 10.1016/j.cmi.2024.12.018
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Keywords: External quality assessment; Genomic surveillance; Prevention strategies resistance; Respiratory syncytial virus; Whole genome sequencing.
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